Kayalardan sızan yüzey suları nedeniyle tahrip olan freksler için analiz yapılarak, su yolları değiştirildi. Restoratör ve kimyagerlerden oluşan ekip tarafından özellikle en fazla freksin bulunduğu Ana Kaya Kilisesi'ne yoğunlaşıldı. Mağara kilisesinin içerisinde yoğuşma olmaması için pencerelere cam yerine tel ağlar yapıldı. Bu sayede hava sirkülasyonun sağlanacağı mağara kilisesinde freksler korunmuş olacak.
